東京都港区の小学校に通う山田太郎君（11歳）は、自分が魔法が使えると信じている。しかし、クラスメートや先生からは「変わり者」「嘘つき」「幼稚」と馬鹿にされ、日常的にいじめられている。そんな彼の唯一の夢は、魔法学校に入学することだ。
「僕は本当に魔法が使えるんです。でも、誰も信じてくれないんです。だから、魔法学校に行きたいんです。そこなら、同じような人たちと仲良くなれると思うんです」と太郎君は話す。
太郎君は、幼い頃から魔法に興味を持っていた。本やインターネットで魔法の歴史や種類、使い方などを勉強し、自分で実践してみた。彼は、自分の手から火花や水滴を出したり、物を動かしたり、空を飛んだりすることができると主張する。しかし、それを見せようとすると、必ず失敗してしまう。
「僕は緊張すると魔法が上手くいかないんです。だから、みんなに見せられないんです。でも、一人でやるときはできるんです。本当なんです」と太郎君は訴える。
太郎君の両親もまた、彼の魔法への情熱を理解できない。彼らは、彼が普通の子どもと同じように勉強や運動に励むことを望んでいる。彼らは、彼の魔法の話を「妄想」「嘘」「遊び」として無視したり叱ったりする。
「太郎は頭が良くて優しい子なんです。でも、魔法にばかり夢中で他のことに興味を持たないんです。だから、周りから浮いてしまっています。私たちは心配しています」と母親は語る。
しかし、太郎君は決して諦めない。彼は、自分が魔法が使えることを証明するために努力し続ける。そして、ある日、彼のもとに一通の手紙が届く。それは、日本唯一の魔法学校「東京魔法アカデミー」からの入学試験の案内だった。
「僕はこの手紙を待っていました。これでやっと魔法学校に行けます。僕は必ず合格します」と太郎君は喜ぶ。
東京魔法アカデミーは、日本政府が秘密裏に運営している特別な教育機関である。そこでは、世界中から集まった魔法使いの子どもたちが、魔法の基礎から応用までを学ぶ。
入学試験は、魔法の才能と知識を測るための筆記試験と実技試験からなる。筆記試験では、魔法の歴史や理論、法律などに関する問題が出題される。実技試験では、自分の得意な魔法を披露することができる。
太郎君は、自分の魔法の勉強を生かして筆記試験には難なく合格する。しかし、実技試験では、やはり緊張のあまり魔法がうまく発動しない。彼は、手から火花を出そうとするが、ほんの小さな火花しか出ない。彼は、物を動かそうとするが、ほとんど動かない。彼は、空を飛ぼうとするが、足が地面から離れない。
「だめだ。僕は魔法が使えないんだ。みんなに笑われる。僕はここに居場所がない」と太郎君は落ち込む。
しかし、そのとき、彼の隣にいた一人の少女が声をかける。
「大丈夫だよ。僕も同じように緊張してしまって魔法が上手くいかなかった。でも、それでも合格したんだ。君もきっと大丈夫だよ」と少女は励ます。
少女の名前は佐藤花子ちゃん（11歳）である。彼女もまた、自分が魔法が使えると信じていたが、周りから理解されなかった子どもである。彼女は、自分の目から色々な色の光を出したり、音楽を奏でたりすることができると主張する。しかし、それを見せようとすると、必ず失敗してしまう。
「私は色や音楽が大好きなんだ。でも、誰も私の魔法を見てくれないんだ。だから、魔法学校に行きたかったんだ。そこなら、私の魔法を認めてくれる人がいると思ったんだ」と花子ちゃんは話す。
花子ちゃんは、太郎君に自分の魔法を見せようとするが、やはり緊張してしまってうまくいかない。彼女は、目から色々な色の光を出そうとするが、ほんの淡い色しか出ない。彼女は、音楽を奏でようとするが、ほとんど聞こえない。
「ごめんね。私も魔法が使えないんだ。君に笑われる。私もここに居場所がない」と花子ちゃんは落ち込む。
しかし、そのとき、太郎君は気づく。
「待って。君の目から出た色や音楽、僕には見えたし聞こえたよ。すごくきれいで素敵だったよ」と太郎君は言う。
「本当？嘘じゃない？ありがとう」と花子ちゃんは喜ぶ。
「本当だよ。それに、君の魔法には何か特別な力があるんじゃないかな。君の魔法を見たり聞いたりすると、僕の心がほっとするんだ。君の魔法は、人の心に届く魔法なんだよ」と太郎君は言う。
「そうなの？私の魔法が人の心に届くなんて、信じられない。でも、嬉しい。私の魔法は、君の心に届いたんだね」と花子ちゃんは言う。
「うん。だから、僕たちはここに居場所があるんだよ。僕たちは、特別な魔法使いなんだよ」と太郎君は言う。
「そうだね。僕たちは、特別な魔法使いなんだね」と花子ちゃんは言う。
そこで、試験官が二人に近づいてくる。
「おめでとうございます。あなたたちは、見事に入学試験に合格しました」と試験官は言う。
「え？本当ですか？でも、私たちの魔法は上手くいかなかったじゃないですか」と太郎君は驚く。
「いえいえ。あなたたちの魔法は、私たちにもしっかりと見えましたし聞こえましたよ。あなたたちは、とても珍しい種類の魔法使いです。あなたたちの魔法は、感情や感覚に作用する魔法です。それは、普通の人には見えないかもしれませんが、魔法使いには見えますし聞こえますし感じられます。それは、とても貴重で素晴らしい魔法です」と試験官は説明する。
「そうなんですか？私たちの魔法が貴重で素晴らしいなんて、信じられません」と花子ちゃんは驚く。
「信じてください。あなたたちは、東京魔法アカデミーで大きく成長できるでしょう。あなたたちの魔法は、世界にもっと広めるべきです。あなたたちは、世界を変える力を持っています」と試験官は言う。
「ありがとうございます。私たちは、頑張ります」と太郎君と花子ちゃんは言う。
そして、二人は手をつないで笑顔で歩き出す。彼らの背後には、色とりどりの光と美しい音楽が舞っている。
これが、二人の特別な魔法使いとしての始まりだった。
